いくつものパラレルワールドを「本」として保管している「図書館の世界」に紛れ込んだ主人公は、行方不明になった義姉の初美を探して様々な本の世界を旅する。
月のかげ ラビオリ サターン ドレス りんね テクノ ブッシュ スパイダ オーバー ブイエ ふたり星 天下り カウント ターボト リフォ プロライツ ロデオ ワーク ション 雲水 会津か シルバ カマーバ バッファー デビット ガボンド ジャップ ティー あの町 スペア ポール ブイトール ローリング オートミー トルマ ビュー ワッフ セサミ ナビマス モチの木 へんぱ シャーマ アカウンテ ストーク ナレータ しちか ブリックス タンパ アカハラ ロケハン
主人公と攻略ヒロイン以外のほぼ全キャラクターは基本的に同社の既存、あるいは未来の作品からの出張とされる。同社の他の作品全てが本作の『本の世界』あるいは『図書館のさらに上の世界』と言う解釈である。この世界観の説明として『通常の宇宙を統括する上位宇宙』自体にも平行世界がある、それを統括する『さらに上位の世界』もある、という趣旨の発言がスタッフからたびたび繰り返されている。また同社が発行した葉月本によれば『通常の宇宙を統括する上位宇宙』が必ず『図書館と本』というスタイルをとるわけではない（ではどんな形式か、については触れられていない）。
また、図書館より一ランクあるいはさらに上とされる『仙界（宇宙庭園およ『ぷにぷに☆はんどメイド』の世界に相当）』には『本』に相当するような便利な管理ツールは今のところ見受けられない。
こげ
本作の主人公。一人称は「俺」。冒頭でいきなり黒い帽子と布切れになってしまい、謎の少女「ちび」に着られ「こげちび」として本の世界を巡り、初美を捜す。異世界へ渡る度に、様々な肉体に憑依出来る能力を持つ。
実は図書館世界の監視者である「狩人」の一人で、初美の義妹である「制服の少女」葉月に憑依したことにより、自分自身を葉月だと錯覚していた。物語の後半では、力を失いSD化したリリスに装着されることになる。
ちび
物語の前半で主人公を纏って旅をする謎の少女。初美と瓜二つの容姿を持つイヴの欠片だが、物語上ではそれほど重要な役割を負っている訳ではない。
ヤミ
声 - 朝宮咲
ヤミ・ヤーマ図書館の管理人。帽子とマントでワンセットである「狩人」達のボス「ジョウ・ハーリー」を纏い、操ることで宇宙に匹敵するとも言える広さの図書館全ての本を管理している。因みに「ヤミ」というのは職業名で、本名は「リリス」。また、図書館の創始者であるヤミ・ヤーマことアダムの前妻にして魔王でもある。アダムの2番目の妻であるイブ（初美）を恨んでいる。
アルカディアの市長の座に納まったものの、役目自体は娘であるセイレンに丸投げしている。
アーヤ
図書館世界や本の世界の間を自由に行き来出来る、謎の存在。実はCOREブランドの作品『トーラス・ゼロ』に登場するアーヤと同一人物。同ブランドの作品『ファナティカ』にも神様として登場している。
イタズラ好きで好奇心旺盛。着ぐるみ好きという噂あり。ケンちゃんの主でもある。
制服の少女
声 - 岩田由貴
初美の義妹で、2年間に渡りこげに憑依されていた本物の「葉月」。???なる作品に登場予定とされ、明らかに顔のない月2を思わせるような発言が繰り返されていたが、少なくともゲーム版の桃華月憚に出演してはいない。
幼い頃から病弱だった自分をずっと守ってくれていた初美を溺愛するあまり、彼女に近づく人間のことごとくに対してバリアーを張る。物語の約2年前、度を越した初美への独占欲から情緒不安定に陥り、彼女のホットケーキを払いのけて逃げ出した。その瞬間、心が現実世界からこぼれ落ち、入れ替わりにその身体に乗り移ったのがこげだった。
一見するとシャープな印象の美少女であり、且つこげのベースたる存在だが、しゃべり方は極度におっとりとしており、一人称も「僕」と微妙な相違がある。
「こげに取り付いた人物を強化する力は無い」と断言されていることと、ガルガンチュアとリツコがイブの傍に居ただけで強大な魔力と不老不死を得たという設定から、身体能力は自前と思われる。
実は、『顔のない月』に登場する東衣緒の実の妹。
ケンちゃん
冒頭でこげの旅に同行することになった、関西弁を操る謎のオカメインコ。その正体はアーヤの眷属にして、天竜八部衆の一人であるソーマの守り神「乾闥婆」。アーヤと同じくCOREブランドの作品『トーラス・ゼロ』には、人間の姿で登場する。
通称「嫁はんズ」なる13羽の妻がおり、またその全員を平等に愛している愛妻家。
謎の女性と子供達
声 - 岬友美
顔のない月よりの出張。
元の世界を探して狭間の世界を旅する三人。謎の女性こと「知美」は『顔のない月』からのスピンオフキャラであり、男の子の方を「旦那様」、女の子の方を「お嬢様」と呼ぶことから、男の子の方が主人公の羽山浩一、女の子の方がヒロインの倉木鈴菜に相当する。
普段羽織っているマントの下には、非常に露出の高いボンデージ下着を着けている。また、下腹部には蛇のタトゥーが施されている。
初美
声 - 赤白杏奈
東葉月の義理の姉で、本作のキーパーソン。実は、様々な図書館世界で生きている「イブ」。主人公は彼女を捜し、本の世界を旅することになる。
言葉を発するだけで本の世界の宇宙を崩壊させるほどの力があるため、日常会話を手話でこなす。また成人として存在することも本の世界には耐え切れない負担であり、必ず赤子の姿で入り、成人前に図書館世界に帰らなければならない。なおアニメ版では成人年齢を明確に16歳とし、彼女が葉月たちの世界から離脱することが発端となっているが、原作では年齢制限とは無関係の事故で離脱したことが発端である。またＥＤによっては彼女が現在の本の世界に残留し「あと二年ある」旨の発言がある。20歳か、あるいは彼女と葉月が通う学校がいわゆるアダルトゲームの学園ならばそれ以上である可能性がある。
料理を得意とするがホットケーキだけはうまく作れない。もっとも作中ではその部分的に緑色になっているホットケーキしか作ったことが無い。
オービット自身が発行した同人誌で幼い頃から繰り返し義兄の東衣緒を誘惑していた事が明かされている。
車掌
図書館の間を行き来する電車の車掌。明らかに銀河鉄道999のパロディ。
錬金術の世界
リツコ
声 - 岬友美
謎の女性と瓜二つの女錬金術師。ガルガンチュアの研究について聞き出す為に、その末弟子であったドロッセルハウストを蘇らせようとするが、肉体の蘇生には成功するも主人公の魂が入ってしまった為に実質失敗に終わる。彼女の魔術の影響によって、ドロッセルハウストの身体の中にいる間、主人公はその命令には逆らえないようになっている。
マリエル姫の家庭教師も兼任している。また、魔術による儀式の際は謎の女性と同様の服装である。
本作では基本的に善人として扱われるが、『顔の無い月』のラスボスと同一人物と言う設定がある。彼女主観の時系列で顔のない月のほうが先と解釈することはほぼ不可能である。このため、ファンから多次元宇宙の（現在の）最高神であるイブから魔力を授かり,既に不老不死であるはずの彼女が、顔のない月の人物にとってはいかに重要であれ、大量の生贄を出してまでたかが山一個の神の力を、それも作中の弁によれば不老不死のために欲しがったのか？という疑問が呈されていた。いくつかのイベントで「あの山は多次元宇宙にとっても重大な存在だったことを桃華月憚であかす」とスタッフが答えたが、実際には未だ何らフォローはない。
ドロッセルハウスト
錬金術師ガルガンチュアの末弟子だったが、多くの同輩達と共に生贄として捧げられてしまった薄幸の美少年。劇中では主人公が乗り移っている依代に過ぎないので、実質その遺体のみが登場している状態である。
マリエル姫
声 - 神村ひな
リツコが家庭教師を務めている、男性恐怖症の内気なお姫様。かつて不治の病を患った際に、イブの血を輸血されたことで生き長らえ、同時に強大な魔力を手に入れた。
ガルガンチュア
リツコと同じく、不老不死の錬金術師。自らの理想の世界「アルカディア」を作るという野望に燃え、ドロッセルハウストを始めとした多くの弟子達を生贄に捧げるなど、目的の為には手段を選ばない非道な男。超ソーマの根源体であるイブを捜し求めている。
実は幼少期に幼馴染みの少女「ジル」を独占欲による嫉妬から刺し殺してしまい、本人もまたそのすぐ後に後追い自殺した身だが、偶然その場に居合わせた「狩人」に身体を乗っ取られ、長く憑依された末に同化してしまった。
ジル
錬金術の世界に入り込んでいた「イブ」、ガルガンチュアの幼馴染。初美と同じく口が利けず、16歳の誕生日にガルガンチュアに殺されてしまった。
孤島の世界
ミルカ
家族の元を離れ、兵士達に守られながら孤島で暮らしている幼い王女。その身に秘められた強力な魔力によって、セイレンから狙われている。菓子パンやホットケーキといった甘い物が好きで、野菜が大嫌い。選り分けた野菜をこげ（エニア）に押し付けるなど、我侭なところもある。将来は兄のような男性と結婚したいらしい。
オービットで製作中の作品『LUNAR CAGE』には、ヒロインの一人として登場予定。ちなみに彼女の目は青だが『LUNAR CAGE』の広告で紹介されたミルカというヒロインは緑眼である。
エニア
孤島の世界でのこげの依代である女悪魔。ミルカの兄によって召喚され、ミルカの護衛の為に孤島へ赴くことになる。
セイレン
声 - Terrier
ミルカの傍に常に寄り添っている、歌が上手な謎の女性。実はイブへの嫌がらせとして、本の世界で厄介ごとを起こさせる為だけにリリスが生み出した妖魔。創造主である当のリリスに存在を忘れられてからは捨てられたと思い込み、ガルガンチュアに忠誠を誓っている。ミルカの魔力に目をつけて、歌の力でラスカレスや兵士達を洗脳するなどあの手この手で懐柔しようとする。
最終的にはリリスと和解し、アルカディアの実質的な市長として日々働くこととなる（とあるエンドでは、厄介事全てを押し付けられた自分を差し置いてコゲとラブラブになるリリスにブチ切れる場面も）。
ラスカレス
ミルカを守る謎多き白虎。海を泳いだり人語を解するなど色々と秘密があるようだが、結局その正体は謎のままに終わる。ケンちゃんとの親しげな様子から、COREブランドの作品『トーラス・ゼロ』に登場するラージャスタンと同一人物と見られているが、明言はされていない。
ミルカへ近づくその本心を見抜いていたかどうか定かではないが、セイレンとはかなり不仲であった。
竹取物語の世界
藤姫
声 - 赤白杏奈
初美そっくりの容姿を持つ、かぐや姫（竹取物語の世界におけるイブ）の力を受け継いだ藤の精霊。かぐや姫が去った後の藤の木のある庵でひっそりと暮らす、たおやかで心優しい少女である。
メイリン
声 - 木村あやか
『ぷにぷに☆はんどメイド』および『パッショネイトラブ』からの出張。後者は未発売。
藤姫の親友である二尾の妖狐。神戸弁を話す。自らの妖怪としての『格』を上げる為に仙道の修行中で、格を上げてくれるイケメンを物色しているものの、こげからは本気で『少年』と間違われ、誘惑していた侍からは『男色の気はない』と一笑に伏されている。
最もEDはないものの、一応Hシーンのあるキャラである。ただしその時点でバットEDが確定する。また、『ぷにぷに☆はんどメイド』では、作中主人公とメイリンが多数の並行世界で繰り返し結婚に至ったと語られるにもかかわらず攻略不能であり、このことが遠因で相当浮気な女性になったので相手にされなかった、と受け取られかねない描写がされている。
ゲーム版では玉藻の前の分身であるのか、成長して玉藻の前になるのかぼかされていたが、アニメ版で分身であると宣言された。一方アニメ放映終了数ヵ月後同社が発売した『ぷにぷに☆はんどメイド』では、成長して玉藻の前になると変更された。
夜行列車の世界
皇 蓉子
声 - Pomeranian
『無幻飛行』からの出張。未発売。
ある極秘任務を帯びて夜行列車へと乗り込んだ、男装の麗人。肩書きは一応某国大使館の二等書記官という立場ではあるが、極めて高い戦闘能力からその扱いは武官に近い。義勇を重んじる武人肌である一方、一般常識は欠落気味。
サイガ
夜行列車の中で蓉子と出会う、怪しげな自称宝石商にして、夜行列車の世界におけるこげの依代。基本的にこげが憑依出来るのは死体や人形といった魂を持たない器だけであるが、彼の場合は仮死状態になった際に憑依されたらしい。こげが憑依している間は肉体に二人分の人格が共存している状態で、サイガがその気になれば肉体の主導権を取り戻すことも容易いようである。
ひょんなことから蓉子に協力することになり、彼女の天然気味な性格に突け込んで色々好き勝手を働くが、何だかんだで結果的には蓉子の為に行動している。
宇宙庭園の世界
アニメ版において宇宙庭園そのものが『図書館を統括する世界』そのものであり、それぞれの部屋が別の世界につながっているかのような描写があったが、基本的に仙界にある玉藻の前の自宅でしかない。
玉藻の前
声 - 木村あやか
『ぷにぷに☆はんどメイド』および『パッショネイトラブ』からの出張。後者は未発売。
宇宙庭園の主である九尾の狐。普段は自室で酒を飲んだくれている。世界の秘密を知っており、ときおり意味深な発言をする。また尻尾から自分の分身を作り、異なる世界で様々な体験をさせている。
図書館世界にとっての上位世界である仙界の最高神の一柱。宇宙の卵から還ったときに、その黄身が二つにわかれ玉藻の前と九翼の天使ミカエルとなり、あまりで仙界ができたとされる。
上記のメイリンから成長するという設定と真っ向から矛盾するように思われるが、ミスなのか伏線なのか不明である。
マウ
声 - 神村ひな
『ぷにぷに☆はんどメイド』および『パッショネイトラブ』からの出張。後者は未発売。
玉藻の前に仕えている、マリエル姫にそっくりな家政婦。彼女が作る発明品は、作動させると大概が爆発する。
出張と言っても彼女及び玉藻の前は、すでに別作品に登場している他のキャラクター達とは違い『ぷにぷに☆はんどメイド』の彼女たちとは並行世界の別人という扱いである。例えば彼女が玉藻の前の分身である藻女に両作品で「初めて会う」と言っているなど。ちなみのこの藻女というキャラクターは上記の「尻尾の分身」ではない。
エロすけ
宇宙庭園におけるこげの寄代にしてマウの発明品。明らかにコロ助のパロディキャラである。
ヤミ・ヤーマ図書館の管理人であるイブは、図書館の管理人の仕事を姉のリリスに任せ、自分は本の世界で遊び始めた。だが、本の世界にイブは16歳の誕生日までしか居ることが出来ず、また話すことも出来なくなる。そして、周辺の人間がイブのことを自然と愛してしまうという弊害も持っていた。なお多くの誤解があるがヒロインの年齢をぼかすアダルトゲーム故、原作に16歳の誕生日がどうという記述はない。またヤミ・ヤーマ図書館ではなく単に図書館世界ないし書斎世界としか言われていない。
ある本の世界。イブは孤児院で働き、子供達から慕われる少女・ジルとして暮らしていた。しかしある日、ジルは彼女の愛情を独占しようとする少年・ガルによって刃物で刺され、その現場を見た少女・リツコは気を失ってしまう。リツコが目を覚ました時には、ジルもガルも姿を消していた。
ジルの力によって不老不死の体を手に入れ、20代の容姿で永遠を生きることとなったリツコは、とある王国で不治の病に罹っていたマリエル姫の病気を治したことで、彼女に仕えるようになる。やがてリツコの前には、彼女と同じく不老不死となっていたガルが、青年の錬金術師・ガルガンチュアとして現れる。ガルガンチュアはマリエル姫を誘惑してその魂を奪うと、姫の魂と交換にリリスから自分の思いのままになる1冊の本の世界を与えられる。ガルガンチュアはそこを根城に、ジルことイブを探し求める。
その頃、イブは高校生の初美として別の本の世界に転生していた。一方、同性かつ姉である初美を激しく愛するようになっていた妹の葉月は、初美の16歳の誕生日に彼女を襲おうと、その寝室に忍び込む。しかし、初美は葉月の目前で消えてしまい、代わりにケンちゃんと名乗る鳥が現われる。葉月が初美の行方を執拗に聞く為、ケンちゃんはやむなく葉月をリリスの所へ。一目で葉月を気に入ったリリスは、葉月と二人でイブを求め、様々な本の世界への旅へと出発する。
そして、宇宙庭園で一堂に会することとなったリリス、ガルガンチュア、葉月の前にイブが現われる。イブはヤミ・ヤーマ図書館の管理人として、自分の為に混乱した本の世界を整理すべく、自分の痕跡を出来るだけ本の世界から消し去ろうとする。それでも葉月は初美を忘れられなかった。葉月の愛の深さを知ったイブはある夜、再び初美として葉月の前に現われる。一夜を二人だけで過ごす為に…。
アニメ版の主な登場人物
東 葉月（あずま はづき）
声 - 能登麻美子
初美の妹でボク少女の美少女。尻まで届くストレートの髪型と凛々しい外見から女の子にもてるが、葉月自身は初美しか眼中にない。イブの力を浴びたせいで、剣の腕前と身体能力は相当なものになっている。
イブ
声 - 清水愛
ヤミ・ヤーマ図書館の管理人で、リリスの妹。また、ジルであり初美でもある。本の世界では話すことが出来ないこともあり、大人しい少女を演じているが、根は小悪魔的な女の子である。
リリス
声 - 小林沙苗
ヤミ・ヤーマ図書館の管理人で、イブの姉。自分に仕事を押し付けたイブの行方をケンちゃんを使って探し求めている。自分達を創造したヤミ・ヤーマに似ているという理由で、葉月に惚れる。言動が子供っぽい。
ガルガンチュア
声 - 三木眞一郎（孤児院時代：朴璐美）
錬金術師。孤児院に居た頃はガルと呼ばれていた。愛情に飢えた子供で、ジルの愛情を独占しようとしたが果たせず、ジルを刺してしまう。マリエル姫の魂と引き換えに自分の好きに出来る本の世界を与えられ、ジルを妃に迎えるべく、その行方を追っている。
リツコ
声 - 井上喜久子
ガルガンチュアの幼馴染で女錬金術師。ガルガンチュアと共に不老不死の身体となった以降は、各地を放浪してその行方を追っている。マリエル姫を救うことが出来なかった罪で投獄される。
ケンちゃん
声 - 高木礼子
リリスがイブの行方を追わせている鳥。何故か関西弁を話す。リリスらによって度々危険な目に遭わされる。
マリエル
声 - 笠原弘子
ある王国の姫君だったが、ガルガンチュアに誘惑され、蛙に姿を変えさせられてしまう。玉藻の前によって人間の姿に戻った結果、マウという名前を与えられ、玉藻の前の召使いとして働く。しかし、姫君だった頃の記憶は失っている。
玉藻の前（たまものまえ）
声 - 氷上恭子
宇宙庭園の女主人。一日中飲んだくれているが、人生の機微に通じており、ガルガンチュアらに的確な指摘をする。さっぱりした性格。
アーヤ
声 - 福山潤
本の世界の案内人。ちょくちょく姿を現しては、その本の世界の事情を説明したりする。読者（視聴者）を象徴した人物でもある。
皇 蓉子
声 - 大原さやか
夜行列車の世界の住人。ゲーム版と同じく男装の麗人ではあるが、天然気味な性格ではない。
サイガ
声 - 田中秀幸
夜行列車の世界の住人。「シベリアの虎」の異名を持つ、伝説的な日本人諜報員。
ナンブ
声 - 吉野裕行
クイル
声 - 山本麻里安
原始創世の世界の少女。その世界で唯一、リリスや葉月と言葉を交わすことが可能。生贄として神に捧げられる運命にあったが…。
ミルカ
声 - 松来未祐
ある時を境に、身も心も成長を止めてしまった少女。海の向こうの世界に憧れている。
セイレン
声 - 神田理江
朱雀
声 - 渡辺明乃
藤姫を狙うくノ一軍団の団長。
不知火 烈堂
声 - 市川治
くノ一軍団を配下に置く老頭領。
レイラ・マーズ
声 - 嘉陽愛子
移民宇宙船の世界に登場する少女。オープニング主題歌を歌っている嘉陽愛子が声を務めた。アダルトゲーム原作のテレビアニメでアイドル歌手が声を務めるのは異例だった。名前の由来は『機動戦士ガンダム』のセイラ・マス。
ラムロ・ライン
声 - 野田順子
移民宇宙船の世界に登場する少年。名前の由来は『機動戦士ガンダム』の主人公、アムロ・レイ。
ララ
声 - ゆかな
レイラ達を導く宇宙移民船で稼動し続けているコンピュータ。大人が居なくなった船内で、彼女達の親代わりを演じている。名前は『機動戦士ガンダム』のララァ・スンから。
コゲちび
声 - 清水愛